藍菌(学名:Cyanobacteriota,英語:cyanobacteria)又称藍綠菌、蓝细菌,舊稱藍綠藻(blue-green algae)或蓝藻(blue algae),是细菌域藍菌門(学名:Cyanophyta)屬下的格兰氏阴性菌,是一类能透過产氧光合作用将光能转化为化学能并生产有机物(如碳水化合物)的自营生物,但其中一些也退化失去了光合能力只依赖異營獲取生存所需的能量。其学名來自古希臘語 κύανος (kúanos),意即:“蓝色”,源于其细胞内的感光色素在吸收日光中的红色和部分蓝色光谱后反射出蓝绿混合的青色;“蓝藻”的旧称则是因为其菌落的生物薄膜漂在水面时酷似浮游绿藻——然而作为原核生物,蓝绿菌沒有细胞核和有膜细胞器,其遺傳物質也不構成染色体,在生物分类学上并非属于真核生物的藻類。
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